Церковь Святого Франциска выросла из помещения готического архитектурного стиля храма XIII века, который был построен после нашествия монголо-татар. Проект современного здания с неоготическими элементами принадлежит Герману Боллю (1845 – 1926).
В XVII веке храм был уничтожен пожаром, но восстановлен с добавлением часовни. После землетрясения в 1880 году, реконструкцией здания занялся Герман Болле. Часовня неоготического стиля была построена им вместо барочного сооружения. Во внутреннем убранстве храма практически ничего не сохранилось со времён средневековья. Главной святыней церкви Святого Франциска на Каптоле является образ Пресвятой Божьей Матери. Храм считается одним из старейших и наиболее значимых религиозных сооружений Загреба.