Впервые часовня при храме Иоанна Златоуста в Ялте была возведена вместе с храмом в 1837 году. В годы советской власти она была беспощадно разрушена. В 2003 году ей вернули первоначальный облик.
Часовня при храме Иоанна Златоуста была возведена при графе Воронцове, который активно занимался вопросом градостроительства. Он обратился к архитектору Торичелли с просьбой создать чертежи будущих построек. Самым первым каменным строением Ялты стала колокольня, по сей день величаво возвышающаяся над морем. Затем уже были построены собор, часовня, школа. Кстати, большую роль в создании школы сыграла Ольга Николаевна, дочь императора.
Церковь сильно пострадала в 30-е годы и во время войны. Были разрушены и собор, и школа. Часовню сначала закрыли, а потом и вовсе разобрали по частям. Лишь колокольня сохранилась. Благодаря пожертвованиям верующих, в 90-е годы ХХ века началось восстановление собора, и уже в 1998 году он был торжественно освящен. Вслед за ним появилась часовня, которая расположена рядом с Морским вокзалом.